Magatama ligger i et middelaldersk Japan, og forteller historien om en krig mellom styrkene til Yamato- og Shogun Bakafu-styrkene. For å motvirke et forestående angrep fra Bakafu-general Ashikaga, henter Monkan fra Yamato-styrkene hjelp av demoner fra en annen verden. Du tar kontroll over Shinato, en tobladet ridder som er ute etter å beseire demonstyrkene og til slutt Monkan. Magatama er et rent actionspill, flere tvillingbladsangrep og kombinasjoner kan utføres med enkle kontroller, og kampmotoren tillater kamper med mange fiender samtidig.