Conspiracy: Weapons of Mass Destruction drives frem av den kraftige FireWarrior-motoren som, i førstepersons skytespill over fem vidstrakte nivåer, spenner fra hemmelige baser i aztekiske ruiner til militære treningsleirer i polarsirkelen. Spillerne påtar seg den firkantede rollen som Cole Justice, en tidligere agent for regjeringens hemmelige tjeneste, utdannet leiesoldat og allsidig tøffing, rekruttert av "byrået" for ett siste oppdrag. I følge etterretningsrapporter har et useriøst myndighetsorgan kjent som "Hydra" utviklet masseødeleggelsesvåpen for å selge til verdensomspennende terrororganisasjoner. Regjeringen har ikke lenger kontroll over dette useriøse byrået, og det har raskt blitt en forlegenhet med behov for akutt eliminering