I Alter Echo utvinner interstellare selskaper en ny organisk hud kalt Plast og bruker den til å lage biomaskiner. Nevin, som fysisk kan endre Plast og tiden selv, oppdager at ulovlige eksperimenter har infisert Plast med menneskelig bevissthet, og nå må han kjempe for å overleve mot en verden som har blitt gal. Mens du kjemper bølge etter bølge av biomekaniske fiender, kan du forvandle deg mellom Melee-, Gun- og Stealth-modusene. Et Time Dilation-system lar spillere fryse handlingen og starte en ustoppelig mengde trekk og spesialangrep.