En druknet by, smuldrende tupper av skyskrapere som hardnakket står over bølgene. Øde landsbyer, nå bebodd av gåtefulle skapninger. Og under det bølgende havet venter en fortvilet, sint tilstedeværelse. Submerged: Hidden Depths er et ikke-stridende tredjepersons «avslappende utforskning»-eventyr, satt i de sunkne ruinene av en vakker verden. Ta på deg rollen som Miku og Taku – den ene forbannet med en mystisk kraft som hun vil bruke for godt, den andre fast bestemt på å ikke la den rive dem fra hverandre. Båt over rolige vann og stormdrevne hvite capser, utforsk og klatre det som er igjen av en en gang ruvende by, og gjennomsøk bygningene etter frøene til dens frelse.