En tilfeldig laget tidsmaskin kommer til å starte den tredje verdenskrigen. Men før folk flest blir drept, kan de to damene som er nærmest Rintaro møte døden. Når Rintaro og Mayuri drar til en konferanse, snubler de over liket av Kurisu. Forskrekket sendte Rintaro en e-post tilbake til vennen sin. Han aner imidlertid ikke at posten nådde fortiden, og tiden er endret. Kurisu lever i denne tidslinjen, og fra henne fikk han vite om en gruppe kalt SERN. SERN vil gjøre alt for å få kontroll over tidsmaskinen. For å hindre dem, må Rintaro reise tilbake tiden gjentatte ganger og lyve for mange mennesker.