Dette spillet spenner over historien til Star Trek, og følger utfordringene Starfleet står overfor som admiral for en arbeidsskip av krigsskip. Spillkampanjer utspiller seg i alle Star Trek-epoker (fra grunnleggerdagene av Enterprise til eventyrene til klassiske Star Trek til den dristige ukjente av The Next Generation, samt prøvelsene og prøvelsene som Deep Space Nine og Voyager står overfor), ettersom føderasjonen står overfor en helt ny fiende som har makten til å reise gjennom tiden. Med full flerspillerstøtte kan spillere velge fra småskala engasjementer til all-out krig som involverer flere stjernesystemer i tillegg til sporingsstatistikk og spillerrangeringer.