Samurai Shodown Sen følger en ung europeisk jente ved navn Suzu, reddet fra et synkende skip utenfor Japans kyst, adoptert av Amori-klanen og oppvokst som prinsesse Suzu. Et tiår senere redder hun Takechiyo, en selverklært mester i kampsport, etter at skipet hans synker og han ender opp vasket på stranden; like etter dette tilfeldige møtet snur bordet når prinsesse Suzu på mystisk vis forsvinner og Takechiyo lover å finne sin savnede redningsmann. Ved å holde seg nær røttene, sammen med prinsesse Suzu, Takechiyo og en rekke nye karakterer, har en mengde gamle favoritter fra serien blitt trofast integrert, inkludert Haohmaru, Galford, Hanzo Hattori, Nakoruru og Ukyo Tachibana – som tar krigerne til over 20 totalt. Spillere kan bli en av disse unike fighterne via Xbox LIVE online underholdningsnettverk, for å kjempe mot venner for å se hvem som kan nå toppen av et verdensomspennende online rangeringssystem.