Project Sylpheed er et skytespill i arkadestil og er oppfølgeren til Silpheed: The Lost Planet på PlayStation 2. Spillets historie finner sted i år 2632, fem hundre år etter at menneskeheten forlot solsystemet. Under jordens styre har 11 forskjellige stjernesystemer nå blitt terraformert og kolonisert. Imidlertid er det en rekke grupper som protesterer mot jordens styre og ønsker uavhengighet; fire av dem har slått seg sammen og dannet en opprørsgruppe kalt ADAN Freedom Alliance. Hovedpersonene i historien er Katana Faraway, Ellen Bernstein og Margras Mason; alle er unge piloter som nettopp har sluttet seg til jordens militære, Terra Central Armed Forces (TCAF). Etter en mistenkelig ulykke slutter Margras seg til de motsatte ADAN-styrkene for å kjempe mot sine tidligere venner og hjemmeplaneten. Du kontrollerer Katana i spillet, og etter hvert som oppdragene er fullført, fortsetter historien. Mens tidligere Silpheed-spill brukte en ovenfra og ned visning av handlingen, har Project Sylpheed en fullstendig 3D-visning fra enten rett bak skipet ditt, eller en førstepersonsvisning innenfra. I løpet av spillet må du fullføre en rekke oppdrag; disse er varierte og inkluderer å måtte ødelegge alle motstandere i et område eller forsvare et alliert skip fra angrep. Til å begynne med er det færre fiender og du har ikke kraftige våpen, men etter hvert som spillet skrider frem, øker fienden i antall og evner, og du kan oppgradere skipet ditt med kraftigere våpen. Under et oppdrag kan flere delmål også bli tilgjengelige som kan fullføres (noen av delmålene låser også opp Xbox 360-prestasjoner når de er fullført).