Ninja War: Stolen Scrolls er et 2D-sidescrollende slagsmål for opptil fire spillere som kjemper seg gjennom nivåer fylt med fiender. I tillegg til å bevege seg og hoppe, kan karakterene angripe, unnvike og plukke opp og kaste gjenstander. Det er spesielle evner som tapper en begrenset MP-måler for spesielle angrep, basert på et element for hver ninja: ild, lyn, vann og vind. Det er et opplevelsessystem med flere nivåer som øker mengden HP og MP.