Gateways er et 2D-plattformspill satt i laboratoriet til en oppfinner kalt Ed etter et utbrudd av en rekke av hans mer "kreative" eksperimenter. Kan du hjelpe ham med å rømme laboratoriet? Ved siden av de tradisjonelle plattformelementene som å hoppe på fiendens hoder, pigger og bevegelige plattformer er gateway-pistolene. Gateway-pistolene lar deg plassere to gatewayer på veggene, gulvene og taket i laboratoriet, slik at du kommer ut av den andre når du passerer gjennom den ene. Etter hvert som det gjøres fremskritt gjennom spillet, introduseres forskjellige typer gateway-pistoler med forskjellige effekter. Etter den grunnleggende pistolen anskaffer du deg en pistol som skaper to gatewayer i forskjellige størrelser, ved å gå gjennom den ene veien krymper Ed til halvparten av størrelsen og den andre veien får Ed til å vokse til dobbelt så stor. Så finner du en pistol hvor en gateway ikke bare kobles til den andres plassering, men også dens tid, slik at Ed kan reise tilbake i tid og møte tidligere versjoner av seg selv. Til slutt manipulerer den siste pistolen tyngdekraften, slik at gjennomkjøring lar Ed gå langs vegger og i tak. Gateways finner sted på et enkelt, vidstrakt kart full av gåter og utfordringer. Etter hvert som power-ups blir anskaffet, åpnes mer og mer av kartet og inneholder flere power-ups og hemmeligheter. I tillegg til gateway-pistolene vil Ed også finne en lommelykt som lar ham lyse opp de mørkere områdene på kartet og et speil som kan brukes til å avlede lasere.