Football Manager 2006 er den andre delen i Football Manager-serien av Sports Interactive. Spillet lar spilleren spille rollen som manager i de fleste av de nasjonale fotballmesterskapene som arrangeres rundt om i verden, mens han håndterer så få eller så mange aspekter av spillet han ønsker. Den inneholder 270 000 personligheter bestående av spillere, ledere og lagstab, og 5000 lag fra 50 forskjellige land. Nye funksjoner inkluderer: Lagsamtaler på halvtid for å øke moralen til spillerne dine. Opplæring i spillet for første gang i serien. Ny skademodul. En-til-en interaksjon med misfornøyde spillere. Lederkontrakter. Touchline-kommandoer ropt under spillet. Høyde- og vektstatistikk for spillere. Dommerprofiler for å se hvem som er harde og hvem som ikke er det. Umiddelbare repriser.