Battle High 2 er oppfølgeren til indie-kampspillet Battle High: Elemental Revolt. En mystisk kraft har forårsaket sykdom hos utvalgte studenter og fratatt dem kreftene deres. Hver av elevene har sin egen agenda i disse tider med uro. Noen etterforsker strømbruddet. Noen søker kilden slik at de kan bli normale igjen. Andre har helt andre poeng å gjøre opp, og andre vil bare se verden brenne.