Xbox 360-remasteren til Banjo-Tooie har visuelle og ytelsesforbedringer i forhold til Nintendo 64-versjonen. I denne versjonen mister ikke spilleren notene etter å ha kommet seg ut av en scene, noe som er en stor forskjell i forhold til originalen, siden det ikke krever at spilleren får alt igjen etter å ha forlatt eller døende. Den har også en reimplementering av Stop 'n' Swop-funksjonen, ved å bruke lagrede data fra Banjo-Kazooie-remasteren for å låse opp nytt innhold.