Air Conflicts: Secret Wars er en arkadeflysimulering satt i et scenario fra første og andre verdenskrig. I løpet av de syv kampanjene må spilleren fly og kjempe gjennom over 48 oppdrag. Før avgang kan spilleren velge mellom forskjellige fly, hver med forskjellige styrker og svakheter. Innenfor oppdragene får spilleren forskjellige mål som patruljering, sniking, hit & run, bombing og eskortering. Mål presenteres som dialoger mellom ulike karakterer. Etter noen oppdrag kan spilleren oppgradere en av ferdighetene sine for å manøvrere flyene lettere, ha mer utholdenhet eller få wingman din styrket. Videre kan spilleren velge mellom to kontrollskjemaer. Arcade og simulering. Den første gjør spillet lettere å kontrollere, mens den andre gir flere muligheter for å kontrollere flyet. Ved siden av kampanjen har spillet også flere flerspillermoduser, lokalt og via internett for opptil fire spillere.