Gjennom Ace Combat 6 må spilleren styre et jagerfly eller andre fly for å ødelegge fiender både i luften og på bakken. Som et arkadeflyspill forenkler det flykontrollene og gir spilleren en stor mengde kuler, missiler og andre våpen, og setter dem opp mot en veldig stor mengde fiendtlige styrker. I tillegg til missiler og en vulkankanon, kan spilleren utstyre spesielle våpen som varmesøkende missiler, bomber, rakettkastere og andre. Spilleren kan låse seg til en rekke fiender, og hjelpe forskjellige taktiske lag ved å bytte mellom deres respektive HUD-avlesninger. Spillet inkluderer 4 standard flerspillermoduser: Battle Royale, Siege Battle, Team Battle og Co-Op Battle. I Battle Royale, den grunnleggende Deathmatch-spillmodusen, skyter opptil seksten spillere hverandre ned for å tjene de høyeste poengene ved tidsbegrensningen. I Team Battle lages et grunnleggende Team Deathmatch-spill. Poeng tildeles basert på typen fly som er ødelagt. En unik type flerspillerspill, Siege Battle spilles med to lag, Angripende og Forsvar. Det angripende laget forsøker å ødelegge målet (vanligvis tungt forsvart av flak) innen tidsfristen. Det forsvarende laget prøver å stoppe angrepet. Samarbeidskampmodusen består av to enkeltspilleroppdrag uten AI som kan spilles med opptil tre andre spillere.