I likhet med forgjengeren er Stakes Winner 2 et 2D-hesteveddeløpsspill. Ved å velge fra et av spillets utvalg av hester, må spillere konkurrere i en rekke løp på forskjellige baner for å tjene penger og prestisje. Hver hest som spillere kan velge er vurdert i henhold til hastighet, utholdenhet og utbrudd. Spillere kontrollerer hestene sine med joysticken og tre knapper. Å trykke på A-knappen gjentatte ganger holder hesten akselerert med en liten tømming av utholdenhetsstangen, mens et trykk på B-knappen gir rytteravlingen på hesten. Dette resulterer i et lite utbrudd av fart på bekostning av å tømme hestens utholdenhetsstang raskere.