Magical Drop spilles i en stil og gameplay som ligner Compiles (nå Segas) Puyo Puyo og Taitos Puzzle Bobble-serier; en "stabel" med tilfeldig fargede bobler kommer ned fra toppen, og en spiller blir beseiret når en boble treffer bunnen. Bobler kan plukkes opp og slippes av spillerens "klovn" nederst, og blir ødelagt når tre eller flere av samme farge settes sammen på en enkelt kolonne. "Kjeder" dannes enten når en enkelt dråpe forårsaket en kjedereaksjon, eller når mer enn én gruppe bobler blir ødelagt i rask rekkefølge. Spillet spilles normalt med to spillere (en kan være en datamaskinmotstander), og kjeder får motstanderens stabel til å synke raskere. Det er 24 karakterer, alle bortsett fra Black Pierrot er oppkalt etter et tarotkort (selv om Styrkekortet har blitt representert av to karakterer gjennom hele serien). Ulike karakterer har forskjellige angrepsmønstre. Kolonnene i motstanderens stabel vil synke med forskjellige hastigheter i forhold til hverandre avhengig av karakteren som er valgt. Dette forårsaker en disjunksjon av farger som kan gjøre det vanskeligere for den andre spilleren å tømme stabelen sin. For eksempel, med karakteren Devil, vil alle kolonnene synke med samme hastighet, mens med Sun vil de midterste kolonnene synke raskere enn de andre.