I likhet med den originale Salamanderen, og i motsetning til Life Force-utgivelsene, forlater Salamander 2 det utvalgsbaserte oppstartssystemet, til fordel for et forenklet system som fokuserer på å styrke våpen basert på spesifikke ikoner. For eksempel kan spilleren ikke øke skipets hastighet før et hastighetsikon blir plukket opp; ekstra hastighetsikoner øker skipets hastighet ytterligere. Flere våpen, når de oppgraderes i tillegg, blir til et "super" våpen i omtrent ti sekunder. Hvis spilleren har rippellaseren, og deretter får et annet ikon for det, vil spilleren motta den kraftige Buster-rippelen i en kort periode. Alternativene har blitt litt endret med ankomsten av "opsjonsfrø", som er små alternativer som går i bane rundt skipet som bare skyter det grunnleggende første skuddet. To alternativfrø kan kombineres til ett komplett alternativ. Dessuten kan alternativer også ofres for å bruke et kortsiktig våpen for målsøking. Flere fiendtlige sjefer som er typiske for Gradius-spill kommer tilbake, inkludert Brain Golem (sjefen på første nivå) og Tetran (sjef på andre nivå). Det er totalt seks nivåer. Siden spillet ligner på prequel, bruker ikke Salamander 2 Revival Start-funksjonen fra Gradius (som skyver spilleren tilbake til et forhåndsbestemt sjekkpunkt dersom et liv går tapt), mange anser denne tittelen for å være enklere enn andre titler i Gradius-serien på grunn av dette. Når spillet er fullført, starter det sin andre løkke med mye høyere vanskelighetsgrad. Musikken endres også til remiksede versjoner av Salamanders musikk i enkelte stadier. Den første spillerens skip heter Vic Viper mens den andre spillerens skip er Super Cobra.