Magisk skole LUNAR! er teknisk sett en nyinnspilling, men det er praktisk talt sin egen uavhengige historie. MSL inneholdt fullstendig omgjort grafikk fra topp til bunn, flere nye karakterer, fulle animasjonssekvenser og stemme, og så mange endringer i historien at det faktisk er et annet spill. I likhet med sin forgjenger, foregår historien omtrent 300 år før hendelsene i Lunar: The Silver Star. Den følger Elie (Ellie), Rena (Lena) og Senia, tre jenter rekruttert til Magic School of Ien, en magisk eliteskole på en øy som beveger seg rundt på havet. Underveis finner de venner, som den sjenerte Wyn (Wing) og selvsikre Blade. De finner rivaler, som den bratte trioen Ant, Rick og Kule. Og de finner fiender, som de illevarslende Memphis og Barua, og det mystiske slottet kjent som "D". Plotter som involverer å finne en professor, redde skolen, bekjempe den slemme stammen, redde den blå dragen og lære å jobbe sammen, alt er en del av historien.