Gaia Breeder er et livssimulerende sandkassespill der spilleren prøver å gjenskape et naturlig miljø. I det 23. århundre har en meteor utslettet alt ville dyreliv på jorden, og menneskeheten har bestemt seg for å forsøke å gjenopprette den ved hjelp av vitenskap. Ved å bruke en tidsmaskin og en nysgjerrig rosa skapning kalt "Mupi", reiser spilleren tilbake i tid for å høste DNA fra utdødde dyr, og kan deretter klone eller kombinere dem i dag. Spillet er delt inn i en serie «Breeder Tournaments» hvor målet er å bygge et balansert og bærekraftig naturmiljø som kan brukes som en blåkopi for å gjenopprette naturen.