Enemy Zero var det andre spillet med den digitale karakteren Laura Lewis – den første var D. I E0 veksler spillsekvenser mellom interaktiv FMV og sanntidsutforskning, begge fra et førstepersonsperspektiv. Den interaktive FMV-komponenten bruker gameplay som er identisk med et tidligere Warp-spill, D. Sanntidskomponenten til E0 er unik. Fiender er usynlige, og plassering er bare mulig gjennom bruk av lyd, med toner med forskjellig tonehøyde som hjelper spilleren med å finne avstanden og retningen til fiender. I tillegg må hver pistol i spillet lades opp rett før hvert skudd, og å lade et skudd for lenge vil føre til at ladningen forsvinner, hvoretter ladningen må starte på nytt. Siden alle tilgjengelige våpen har svært begrenset rekkevidde, gjør dette timingen avgjørende; Hvis du begynner å lade pistolen for sent eller for tidlig, kan fienden nå Laura, noe som resulterer i at spillet er over. I Enemy Zero er det å lade pistolen på nytt og flytte karakteren rundt mekanikk som har blitt gjort med vilje sakte,[4] som stimulerer spillere til å unngå kamp og direkte kontakt med fremmede fiender så mye som mulig. I de tidlige delene av spillet anbefales det ikke bare å unngå deteksjon; det er påkrevd, siden spilleren ikke har noen midler til å forsvare seg uten en pistol. Enemy Zero er et eksempel på et spill som inneholder stealth-elementer[5] omtrent to år før utgivelsen av Metal Gear Solid populariserte sjangeren over hele verden, men ti år etter at Metal Gear startet sjangeren i 1987.