Ys: The Vanished Omens er et action-rollespill med sitt eget varemerke-kampsystem: i stedet for å trykke på "angrep"-knappen, løper hovedpersonen rett og slett inn i fiendene han møter. Mer skade påføres fiendene hvis Adol angriper dem fra baksiden eller fra sidene - en hode-til-hode-kollisjon kan resultere i heltens død hvis monsteret er sterkere enn ham. Spilleren får gull og erfaringspoeng for å beseire fiender; når nok erfaring har blitt samlet, nivåer Adol opp og blir sterkere. Helten kan kjøpe og utstyre sverd, rustninger, skjold og annet tilbehør.