Helten til Ys er en eventyrlysten ung sverdmann ved navn Adol Christin. Når historien begynner, har han nettopp ankommet byen Minea, i landet Esteria. Han blir tilkalt av Sara, en spåmann, som forteller ham om en stor ondskap som feier over landet. Adol får beskjed om at han må oppsøke de seks bøkene til Ys. Disse bøkene inneholder historien til det gamle landet Ys, og vil gi ham kunnskapen han trenger for å beseire de onde kreftene. Sara gir Adol en krystall for identifikasjon og instruerer ham om å finne tanten hennes i Zepik Village, som har nøkkelen til å hente en av bøkene. Med det begynner hans søken.