Genesis-versjonen bruker standard kontroller med tre knapper, med bare to knapper for å angripe (slag og spark). For å utføre sterkere slag eller spark, må spilleren holde retningsplaten mot motstanderen mens han trykker på en av angrepsknappene. Den tredje knappen brukes til å håne. Noen av stadiene i spillet har ødeleggbare omgivelser som gir spilleren og motstanderen tilgang til nye områder på scenen. I tillegg til deres spesielle trekk, har hver karakter et "killer"-angrep som bare er tilgjengelig når de er nær døden og den røde delen av karakterenes livsmåler på toppen begynner å blinke. Dette gjøres ved å trykke på Taunt-knappen i forbindelse med en spesifikk D-Pad-bevegelse. Disse trekkene tar nesten ut den andre karakterens livsmåler fullstendig. Spillet har åtte spillbare karakterer, som inkluderer de fire Turtles og Casey Jones, samt April O'Neil (hvis aktive rolle skiller seg fra versjonene av karakteren som er omtalt i andre spill), Ray Fillet (en karakter fra tegneserien Teenage Mutant Ninja Turtles Adventures), og Sisyphus (en original karakter, kalt Musha Beetle i den japanske versjonen). Spilleren kan justere sin kraft og hastighet etter å ha valgt sin karakter. Musikken i denne versjonen ble komponert av den anerkjente videospillkomponisten Miki Higashino, i samarbeid med Masanori Adachi.