Shadow Dancer på Master System beholder mye av arkadespillets innhold, men forenkler grafikken og lyden for å passe bedre til maskinvaren. Scenelayoutene er litt forskjellige, og beslutningen om å bruke sprites som ligner på arkadeversjonen betyr at færre fiender kan vises på skjermen til enhver tid. Sprite-flimmer er et vanlig syn, og hele deler av scener fjernes for å spare plass. I motsetning til arkadeversjonen kan ikke spillere gå tilbake under verken siderulling eller sjefsseksjoner, noe som begrenser spilleren til en veldig liten del av skjermen under sjefskampene. Den mest slående utelatelsen i Master System-versjonen av Shadow Dancer er hunden som en aktiv karakter, men den er fortsatt tilgjengelig som spillmekaniker. Når et gyldig mål er på skjermen, må spilleren huke seg. Mens du sitter på huk, vil det magiske ninja-ikonet sakte forvandles til et hundehode. Når ikonet er helt fullt, vil det flytte til målfiendens plassering. Å trykke på angrep vil føre til at hunden dukker opp fra ingensteds og angriper fienden. Hvis det ikke finnes noe gyldig mål, vil ikke ikonet bevege seg, og å trykke på angrep mens du sitter på huk vil utføre et normalt angrep. Hunden kan bare kalles tre ganger hvert trinn. Master System-versjonen beholder førstepersons shuriken-kastende bonusrundene, men den mellom andre og tredje trinn er den samme bonusrunden som brukes av Mega Drive-versjonen, som får spilleren til å hoppe fra en høy bygning og angripe ninjaer på en nedadgående skyt-em-opp-måte. Som Master System-versjonen av Shinobi, kan ikke ninjamagi brukes under sjefskamper. I tillegg til det tidligere nevnte problemet med å være begrenset til en liten del av skjermen, gjør dette sjefskampene enda vanskeligere enn arkadeversjonen. En liten merkelighet, i Master System-versjonen, bøyer Shinobi alltid for sjefen før kampen.