Sanxion er en siderullende shoot 'em up, målet om å krysse hvert nivå fra venstre til høyre for å unngå eller ødelegge eventuelle fiender og hindringer. Sidescrollerhastigheten er kontrollerbar, og øker jo nærmere spilleren er midten av skjermen. Skjermen er delt inn i to seksjoner, den øvre med en sentral visning, og den nedre, som tar opp to tredjedeler av skjermen, viser en typisk sidevisning. Fiender kan komme fra begge sider av skjermen i nære formasjoner som spilleren må unngå å kollidere med.