Innbyggerne i Mobius klarer rett og slett ikke å ta en pause. Dr. Robotnik (AKA Eggman) er nok en gang oppe i sine dårlige triks. Fabrikker og forurensning sprer seg som ild i tørt gress mens han igjen prøver å ta over verden. Heldigvis er Sonic Heroes aldri i ro, og igjen kjemper kampen for å beseire Eggmans onde krefter. Heltene har imidlertid havnet i dobbel fare. Eggmans gale etterkommer, Eggman Nega, har rømt fra Ifrits dimensjon, og skaper sin vanlige ødeleggelse i et forsøk på å ødelegge verden. Han har til og med tatt Eggmans tre beste løytnanter, det hensynsløse Team Metallix, og omprogrammert dem til å gjøre sitt enda mer onde bud. I motsetning til tidligere tilfeller av Negas ødeleggelse, er Eggman ikke forvirret. Han regner med at når han først har kontroll over verden, kan han ta seg av Eggman Nega som han vil. Dessverre for Eggman har ikke Sonic the Hedgehog det. Før han kan bestemme hvem han skal sende hvor, mottar han en samtale gjennom kommunikatoren Tails ga ham. Meldingen: noen er allerede på saken. Ikke bare noen, men noen! Tilsynelatende har Sonics egen søster, Sonia the Hedgehog allerede fått med seg Negas ondskap og er ute etter å stoppe ham. Sonic er litt lettet, og kjenner godt til søsterens styrke og smidighet. Hun forteller ham også at hun har funnet og slått seg sammen med et mystisk ungt pinnsvin som kan flytte ting med tankene hans. Sonic gjenkjenner øyeblikkelig at Sonia er sammen med sin nyeste allierte: Silver the Hedgehog. Silver har nok en gang reist gjennom tiden for å sikre at fremtiden er fri for Negas tukling (selv om han egentlig bare burde bli her i nåtiden, vet du). Sonic vet at de to pinnsvinene er mer enn i stand til å håndtere situasjonen, og overlater det til dem og fortsetter å håndtere Eggman. Eggman Nega er godt klar over at Sonic er opptatt med sin uvitende forfar. Han gjør imidlertid best å ikke overse en viss faktor. S Factor, Sonia og Silver! Det er opp til deg å lede det usannsynlige tag-teamet til den fysisk mektige Sonia, og det psykokinetiske Silver på deres søken etter å rette opp feilene til den onde Eggman Nega!