Basert på PBS-barneprogrammet tar The Magic School Bus sammen med Frizzle og hennes følgesvenn Liz spilleren gjennom hele solsystemet én planet om gangen for å lære om dem mens de utforsker hver enkelt. Underveis vil spillere bli fraktet på bussen på vei til neste planet hvor de kan ta bilder av planetene, månene deres, stjernene, blant mye annet de kan se. Underveis vil de støte på gåter de må løse for å komme videre ved å bruke fakta de har lært gjennom planetbesøket deres, og de kan også bygge sitt eget solsystem på hvilken som helst måte de velger.