Mega Drive/Genesis-versjonen, utviklet av Clockwork Tortoise og utgitt av Sega, er en run 'n' gun hvor både Batman og Robin må stoppe Mr. Freeze, som planlegger å fryse Gotham City. For å holde duoen opptatt, frigjør han også Joker, Two-Face og Mad Hatter, hver med sin egen agenda. Jokeren feirer bursdagen sin og skaper kaos i Gotham og stjeler diamanter, Two-Face prøver å ta over byen ovenfra, og Mad Hatter lager en robothær i sin surrealistiske hule. Spillet kan spilles av to spillere samtidig; en spiller med Batman, og den andre med Robin. Begge karakterene er identiske når det gjelder spillbarhet, og begge bruker batarangs, bolas eller shurikens i langdistanseangrep, mens de bruker nærkampangrep på kort avstand. Det er fire nivåer som består av flere stadier, for det meste av en rett venstre-til-høyre-travers til enden der sjefen venter. På noen nivåer bytter spillet til et siderullende skytespill, der spillerne må kontrollere Batwings. Spillet blir sett på som ekstremt vanskelig å fullføre, og også kjent for å vise frem noen av de mest imponerende spesialeffektene på Mega Drive/Genesis. Den har også et lydspor av Jesper Kyd. Dette står for den relativt høye kvaliteten på Kyds komposisjoner, så vel som den ganske enkle FM-syntetiserte naturen til spillets lydeffekter.