På slutten av First Samurai var demonkongen i stand til å flykte tilbake i tid til det gamle Japan, så helten vår følger ham tilbake i tid, og har 10 nivåer som venter på ham. I motsetning til originalen, er hver verden delt inn i undernivåer, med en sjef på slutten av hver, som understreker arkadesiden av spillingen, som fortsatt kombinerer hacking og slashing med puslespillløsning. Som i det første spillet starter du uten våpen, men kan plukke opp sverd og dolker mens du går gjennom nivåene. Det er mange skjulte seksjoner etter hvert som du gjør fremgang, som åpner opp mer av sluttsekvensen for deg, i tillegg til flere underspill, inkludert en shoot 'em up-modus.