I motsetning til SNES-motstykket, er Genesis-versjonen av Scooby-Doo Mystery et pek-og-klikk (eller pek-og-trykk-knapp snarere) eventyr med to spillbare episoder av en typisk scooby-doo tegneserie. Blake's Hotel - Daphnes onkel Blake har invitert gjengen til hotellet hans for en skihelg. Når de kommer til hotellet får de vite at spøkelsen til den gamle høvdingen skremmer bort alle kundene, siden han ikke er glad for at et hotell bygges på gravplassen hans. Snart blir onkel Blake kidnappet, og det er opp til Scooby og Shaggy å finne ledetråder og jakte på dette spøkelset. Ha Ha Carnival - Gjengen ankommer en nesten øde karvinal, på jakt etter moro. Snart blir Fred, Daphne og Velma fanget i en dam når de går ut i en av turene. Ikke nok med det, noen har brutt berg-og-dal-banen. Så blir Scooby og Shaggy jaget av en ond fantomklovn rundt om i karnevalet. Nok et mysterium for paret å løse. Begge mysteriene har Scooby og Shaggy på egen hånd, samler ledetråder og setter dem sammen. Du kontrollerer Shaggy for det meste mens Scooby bare holder ham med selskap. Spillgrensesnittet innebærer å gå rundt og/eller velge handlinger fra en meny og bruke dem med objekter. En passordfunksjon er tilgjengelig slik at du kan fortsette der du slapp.