I motsetning til det første spillet i serien, det var et oppdragsbasert spill, og det andre, der karakteren din hadde unike evner som å observere hele nivået og vokse til ubegrenset høyde, er James Pond 3 et standard hopp-og-løp-plattformspill. Dammen kan løpe veldig raskt (ved å holde nede A-knappen) gjennom store nivåer, som ofte inneholder bratte fjellsider og andre vanskelige områder. Nok en gang må han motsette seg den onde vitenskapsmannen Maybe og hans undersåtter.