Dune II regnes ofte som det første mainstream moderne sanntidsstrategispillet og etablerte mange konvensjoner innen sjangeren. Selv om spillet ligger i Frank Herberts berømte Dune-univers, er spillet bare løst knyttet til handlingen til noen av bøkene eller filmene basert på dem. Ved å kontrollere et av de tre husene, må spilleren kjempe en rekke kamper mot de andre husene. På de tidlige nivåene er målet rett og slett å tjene et visst antall kreditter, mens i de senere oppdragene må alle fiender ødelegges. Den eneste ressursen i spillet er Spice, som må samles inn av høstere. Krydderet konverteres til kreditter i et raffineri, som deretter brukes til å bygge flere bygninger og enheter. Det er to terrengtyper: bygninger kan kun bygges på stein, mens krydderet bare finnes på sand. Imidlertid tiltrekker enheter som beveger seg på sand de store sandormene i Dune, som er praktisk talt uforgjengelige og kan svelge selv store enheter hele. Etter hvert som nivåene skrider frem, blir nye og mer avanserte bygninger og enheter tilgjengeliggjort, inkludert strukturer som en radarstasjon, et reparasjonsanlegg eller forsvarstårn og, for enheter, ulike bakketropper, lette kjøretøy og stridsvogner. Hvert hus kan konstruere en unik spesialenhet, og kan, etter å ha bygget en palassforbedring, utløse en unik palasseffekt.