Body Count har en enkel historie: romvesener har invadert jorden, og en enslig soldat som er spesielt dyktig til å skyte og snikskyting blir tilkalt for å redde planeten. Spillet er et skytespill i arkadestil. Spilleren skyter fra et førstepersonsperspektiv på fiender som stadig vises på skjermen. Når en tilstrekkelig mengde fiender har blitt eliminert, blir spilleren automatisk overført til neste faste skjerm. På veien kan spilleren velge spesielle gjenstander som tillater bruk av et kraftig angrep på hele skjermen et begrenset antall ganger.