Det har gått fire år siden Jasons møte med Plutonium Boss og de radioaktive mutantene under jorden. Hans eneste påminnelse om hendelsen er S.O.P.H.I.A., kjøretøyet han brukte for å stoppe dem, som han har gjemt i en forlatt låve. En dag slo et lyn ned i huset og fikk taket til å smuldre opp, og Jason ble bevisstløs. Da Jason våknet, ble S.O.P.H.I.A. var i stykker og delene han hadde samlet fra sine første omganger med Mutant Bosses manglet. Lite vet Jason at det er flere lynvesener der den første kom fra, og de planlegger å ødelegge jorden. Vesenene begynte å grave mot jordens kjerne for å flytte planetens vekt fra sin akse, noe som førte til total utslettelse. Delene fra S.O.P.H.I.A. blir brukt til å lage en robothær for å hjelpe vesenet med å utføre oppdraget sitt. Nå må Jason stoppe dem, men han kommer ikke uten hjelp fra S.O.P.H.I.A. Siden han ikke kan gjenopprette delene, bestemte han seg for å redesigne den for bedre å forberede seg på prøvelsen han står overfor. Etter 29 dager, S.O.P.H.I.A. var fullstendig gjenoppbygd og klar for kamp. Da han husket hvor han så vesenets fotspor, hoppet Jason i kjøretøyet sitt og satte kursen mot fjellene der utfordringen begynner.