Surf Ninjas ble laget som en tie-on for New Line Cinema-filmen fra 1993 med samme navn og er løst basert på innholdet. Hele introduksjonen av hvordan surferne oppdager at de er sønner av en Patusani-konge er ikke nevnt, og i stedet blir spilleren kastet inn i historien som en ninja-elev med en gang. Oberst Chi ønsker å styrte kongeriket og drepe de siste arvingene, så han sender tropper med ninjaer for å drepe de to brødrene. Spillere kontrollerer en av brødrene mens han reiser gjennom forskjellige steder som Palace-restauranten, kaiene i Venezia (California), øya Patu San og mer. Oppdragene med 2D-siderullende plattformer inneholder plattformer, fiender og ninjaer og ulike farer. Den ene knappen brukes til å hoppe mens den andre, i kombinasjon med D-pad, starter slag, spark, kast og ulike kombinasjoner. Angrep kan også utføres fra luften eller ved hjelp av svært høye hopp. Under spillingen kan du få tilgang til en alternativskjerm for å se gjennom statistikken (helse, styrke, refleks og kamp), få ​​et hint gjennom Adam's Game Gear, ringe ninjaen Zatch for å starte et kraftig angrep eller velge et våpen som shurikens, ildkuler, en kniv og et sverd. Ved å beseire fiender samles det inn mynter som skal brukes på bonustid på klokken, Zatch power-ups, et bonusliv, fullstendig regenerering, et hint, et våpen eller en fortsettelse.