Kontinentet Tyramus har levd i fred i nesten et århundre, takket være de fire elementære krystallene i kongeriket Arliel. Freden er imidlertid truet av invasjonshærene til Jyn-imperiet, ledet av keiser Grym, som ønsker å bruke de fire krystallene til å herske over Tyramus. Heldigvis kan prinsesse Iris rømme med en av krystallene, og nå må spilleren beskytte henne og krystallen og på en eller annen måte finne en måte å drive tilbake hordene av Jyn. Spillingen i Crystal Warriors er ganske lik Shining Force. Spilleren kjemper i turbaserte kamper og kontrollerer forskjellige karakterer som jagerfly, healere, rangers og magikere, alle med forskjellige styrker og ferdigheter. Når to enheter deltar i kamp, ​​går de inn i en duellmodus som varer i opptil to omganger. I denne modusen kan spilleren velge mellom fire kommandoer: "battle" (angrep), "retreat", "spell" og "monster". Mens de tre første kommandoene er ganske selvforklarende, er "monster"-kommandoen interessant. Når en ikke-menneskelig fiende blir beseiret, kan den temmes og brukes i kamper. Mens de fleste monstre ikke har mange HP, kan de tjene som gode angripere for fysisk svake karakterer eller ta noen treff for å beskytte sin herre. Mellom kampene kan spilleren besøke byer for å hvile, kjøpe våpen og trollformler eller rekruttere nye partimedlemmer.