Under hendelsene til den første, stengte den originale Virtua Cops, Michael "Rage" Hardy og James "Smarty" Cools det kriminelle imperiet av E.V.I.L Inc.. Tre av lederne, King, Boss og Kong, er alle i den føderale pennen for maksimal sikkerhet. Og det siste, fjerde medlemmet av E.V.I.L Inc.-gjengen, den internasjonale terroristen Joe Fang, antas å ha blitt drept i en helikopterulykke, selv om kroppen hans aldri ble funnet. Etter E.V.I.L. Inc.s fall, ble det igangsatt en omfattende undersøkelse av deres svartemarkeds- og våpendrift i Virtua City-banken. I fjor så det ut som om Virtua Squad endelig hadde satt en stopper for E.V.I.L Syndikatets regjeringstid av kriminalitet over Virtua City. Ganglederne var alle enten bak lås og slå, på intensivavdeling eller under 6 fot med skitt. Og Virtua City Police Special Investigations Unit fikk et nytt medlem i form av Janet Marshall, en ekspert på kriminell psykologisk profilering. Så begynte problemer å brygge på usannsynlige steder... Visepresidenten i Virtua City Bank ble drept under lyssky omstendigheter som bare offisielt ble betegnet som "tilfeldig". Og de hovne kontoene til det nå nedlagte E.V.I.L Syndicate, som han hadde blitt mistenkt for å ha hvitvasket, ble tømt over natten. De manglende midlene utgjorde mer enn BNP for de fleste små land. I mellomtiden, på den andre siden av byen, bryter alarmer stillheten og roen i Virtua City-luften. Et vågalt dagslysraid mot den største gullsmeden i staten! Og på stedet for den nye T-banekonstruksjonen har det vært uvanlig mye uforklarlig aktivitet som involverer noe veldig mistenkelig utseende. Ser ut som E.V.I.L er gjenfødt.