Samba de Amigo: Ver. 2000 er en oppgradert versjon, og den inneholder 14 nye sanger, samt seks nye nedlastbare sanger for hjemmeversjonen. Mens det i det originale spillet bare var tre sanger å velge i hvert trinn, lar denne versjonen spilleren velge flere. "Love Love/Couples"-modus, opprinnelig bare tilgjengelig i hjemmeversjonen av Samba de Amigo, er inkludert i arkadeversjonen av Ver. 2000. En ny karakter ved navn Amiga slutter seg til rollebesetningen. Hun er Amigos søster, og bruker en tamburin. I hjemmeversjonen erstatter et nytt volleyballspill de originale minispillene. Overlevelsesmodus ble også lagt til, hvor spilleren må fullføre så mange sanger på rad som de kan. I tillegg har Challenge-modusen nye mål, samt fem nye hemmelige etapper som er ganske vanskelige. Det viktigste tillegget til Ver. 2000 er den nye "Hustle Mode". I denne modusen må spilleren fortsatt følge prikkene og riste maracasene på riktig sted, men dette gjøres mye sjeldnere. I stedet dukker Pose ofte opp, og i tillegg til å få spilleren til å gjøre statiske positurer, vil han riste sine maracas i visse mønstre som spilleren må etterligne. Disse mønstrene inkluderer enten å riste en eller begge maracas frem og tilbake mellom to av de seks posisjonene, å utføre en full 360° rotasjon fra én posisjon, og løkke hele veien rundt. Alle sangene i spillet, inkludert de som tidligere ble funnet i den første versjonen, har både Original og Hustle Mode-mønstre. Samba de Amigo Ver. 2000 ble annonsert for nordamerikansk utgivelse, under navnet Samba de Amigo Ver. 2001, men det var blant spillene som ble kansellert da Sega sluttet med støtte for konsollen deres.