Project Justice er oppfølgeren til Rival Schools: United By Fate. Project Justices kampsystem er løftet fra de originale Rival Schools, med noen bemerkelsesverdige endringer. Spillet fortsetter å være en lagfighter, men har lag med tre karakterer i stedet for to. Dette gjør at et nytt Team-Up-angrep kan brukes i en kamp, ​​men legger også til en ny type angrep, Party-Up, initiert ved å trykke på tre valgfrie angrepsknapper. Party-Up er et tremannsangrep som varierer basert på hvilken skole karakteren som starter angrepet er fra. Den ekstra partneren lar også spillere kansellere en motstanders Team-Up-spesial ved å legge inn en egen Team-Up-kommando. Dette setter i gang en kort kampsekvens mellom en karakter fra hvert lag. Hvis personen som starter sekvensen får det første vellykkede treffet i løpet av sekvensen før tiden renner ut, vil Team-Up de er fanget i bli kansellert, og spillet går tilbake til hovedkampen; hvis motstanderen får det første treffet eller tiden renner ut, fortsetter Team-Up som vanlig. I tillegg er 'kraftmåleren' i Project Justice begrenset til 5 nivåer (ned fra 9 i rivaliserende skoler), med Party-Ups som krever alle 5 nivåer, Team-Ups fortsetter å koste to nivåer, og eventuelle forsøk (vellykkede eller ikke) på å avbryte en Team-Up som koster ett nivå. Dreamcast-porten til Project Justice i Japan, som også overføres fra det første spillet, inkluderer en karakterskapingsmodus som lar en spiller lage sine egne jagerfly som kan brukes i alle moduser bortsett fra enspiller. Imidlertid er karakterskapingen i Project Justice pakket som et brettspill, som finner sted under en festival mellom skoler, i stedet for et datesim-spill som i Rival Schools. Som med School Life Mode i de originale Rival Schools, er ikke dette brettspillet inkludert i ikke-japanske havner i Project Justice på grunn av hvor lang tid det vil ta å oversette modusen. I stedet ble flere opplåsbare underkarakterer inkludert i disse portene, bygget fra karakterskapingsdelene i den japanske versjonen.