Blood of Zeon har et mer komplekst politisk system sammenlignet med den originale Gihrens grådighet. Spilleren kan nå opprette våpenhviler og traktater, og det militære systemet støtter nå oppgradering og tilpasning av mobildrakt. Kartsystemet ble også oppdatert. Blood of Zeon introduserer også mobildrakter og karakterer fra forskjellige Gundam OVA-er, sammen med tredjepartsfraksjonene Titan, A.E.U.G og Axis.