I fremtiden har cyberspace blitt ekstremt dominerende. Væpnede konflikter og cyberterrorisme blomstret. Gigantiske mekanismer kjent som Simulacrums brukes til kamper i cyberspace. Toru Souma er en ekspert hacker fra Steppenwolf-gruppen, som spesialiserer seg på å stjele og selge verdisaker fra servere. En dag ble Toru fanget i en kamp mellom militærorganisasjonen FLAK og en terrorgruppe. I en serie hendelser ble vennen hans drept. Plaget av sorg bestemmer Toru seg for å hevne sin død og slutter seg til FLAK, bare for å avdekke en mye større konspirasjon. Baldr Force er en oppfølging av Baldr Bullet. Den bruker et annet scenario og rollebesetning, men er veldig nær forgjengeren spillmessig. Som i Baldr Bullet (og i motsetning til Baldrhead), er det ingen utforskning av noe slag i spillet, og alle kamper finner sted innenfor avgrensede områder som diktert av handlingen. Kampsystemet er nesten identisk med det forrige spillet, med unntak av "force crashes", kraftige angrep som kan utstyres på hovedpersonens mek. Spillets plot kan forgrene seg avhengig av avgjørelsene tatt av spilleren under de visuelle romanlignende delene.