En ung mann ved navn Sion Asmarn bor i byen Cosma på planeten Homu sammen med sin far, en kjent oppdagelsesreisende. En dag faller en stor meteoritt ned på planeten. Sions far går for å undersøke det sammen med fysikeren Mamon Penrose. Sion og kjæresten Shoko, Mamons datter, våger seg inn i canyonen der meteoritten har falt, bare for å være vitne til Mamon, tilsynelatende besatt av en mystisk styrke, drepe Sions far og rømte. Fast bestemt på å komme til bunns i denne forferdelige affæren, legger de to ut på en reise som tar dem til forskjellige hjørner av universet. Alshark er et sci-fi-rollespill i japansk stil med flere kjennetegn. Spilleren kontrollerer et parti på opptil fem karakterer, og utforsker en enorm verden som består av flere solsystemer, hver med sine egne planeter og romstasjoner, hvorav mange kan nås i hvilken som helst rekkefølge. Navigasjon i rommet gjøres ved hjelp av romskipet Atlia, som kan utstyres med ulike våpen, motorer og rammer. Fra tid til annen vil spilleren delta i tilfeldig romkamp mot fiendtlige skip, og tjene skrap som kan konverteres til penger. Disse luftkampene er automatiske som standard, men spilleren kan velge å kontrollere skipet og avfyre ​​våpnene manuelt, i en arkadeskytestil. Hovedtyngden av utforskningen foregår imidlertid på planetoverflater, som festen kan utforske til fots eller i kjøretøy som buggies, tanks eller luftputefartøy. Fiender dukker opp tilfeldig; kamp er turbasert og ses fra samme overhead-perspektiv som utforskningen. Bare Sion er direkte kontrollert av spilleren, mens andre karakterer følger AI-rutiner, ved å bruke vanlige angrep samt offensive og helbredende teknikker. Karakterer kan utstyre hode- og kroppsrustninger, futuristiske nærkampvåpen, samt en rekke skytevåpen. En "party talk"-funksjon er tilgjengelig, der karakterene kan konsultere hverandre når som helst. Spillet er også kjent for å la karakterene gå opp i nivå utover den vanlige grensen på 100. Sega CD-versjonen har nye anime-stil filmsekvenser og lydmusikkspor. PC Engine (TurboGrafx) CD-versjonen har et omarbeidet grensesnitt med fullskjermsnavigering, samt ekstra filmsekvenser og voice-overs. Det reduserer også mengden tilfeldige fiendemøter i stor grad under utforskning til fots, og senker generelt vanskelighetsgraden til spillet.