I den fremtidige datoen 2500 har menneskeheten nådd sitt høydepunkt i romfart og fred. Men etter å ha fått kontakt med fremmede liv for første gang, blir jorden snart angrepet og nesten erobret av en krigsdrevet romvesen-rase kalt Gurzons. Jordens forsvarsstyrke oppdager at Gurzons fiende er bosatt på den fjerne fremmede planeten Prism, som tok kontakt med jorden som en advarsel mot den kommende Gurzon-invasjonen. Ytterligere etterforskning fører til oppdagelsen av et dataoppgraderingssystem som ligger på Prism kalt A/X-101, et våpenprogram som lover å frigjøre jorden fra Gurzons grep. Earth Defense sender fire av sine beste jagerpiloter - Bob, Kelly, Chris og deres kaptein (spilleren) - for å reise til Prism, hente A/X-101 og bruke den mot alle Gurzons planetariske baser. Spillet er et on-rail skytespill, med gameplay sett fra et førstepersons cockpitperspektiv. Spillerens skip beveger seg automatisk gjennom forhåndsrenderte rom og planetariske miljøer, og bare målkorset kan beveges fritt. Laserkanoner og fusjonsstridshoder er tilgjengelige for å treffe de mange fiendene. Lasere har ubegrenset med ammunisjon, men trenger litt tid for å lades opp. Stridshodene fungerer som smarte bomber og fjerner skjermen for fiender, men er kun tilgjengelig i begrenset antall. De fylles på igjen når de når en viss poengsum. Skipets energiskjold fungerer som en livstang. Mellom opptaksnivåene er det overgangssekvenser, forhåndsgjengitt på samme måte som selve spillingen.