Soul Sacrifice er en brutal kampopplevelse der hver beslutning som tas vil ha følgelige resultater. Hovedpersonen i Soul Sacrifice er en av de uskyldige tilskuerne som har blitt slaveret av en mektig og grusom trollmann kjent som Magusar, som absorberer menneskelige ofre for å forbli udødelig. Rett før hovedpersonen skal ofres, dukker det opp en talebok foran dem. Boken, som heter Librom, er en samling historier som beskriver tidligere kamper mellom monstre og den mektige trollmannen. Spillerkarakteren er i stand til å gå inn i bokens verden og oppleve kampene i hendelser kjent som Phantom Quests, og får dermed erfaringen og kraften som trengs for å beseire Magusar. Spillet har to avslutninger avhengig av om spilleren redder eller ofrer Magusar etter hans nederlag. Det er også en tredje slutt som oppstår hvis spilleren beseirer Magusar før han fullfører alle hovedhistoriene i Librom.