Dette er et samlespill som består av moduser fra tidligere Puyo Puyo-spill. Det er Compiles siste anerkjente Puyo Puyo-tittel i serien før Sega fikk rettighetene. Puyo Puyo Box, som er en samling, består først og fremst av moduser fra tidligere Puyo Puyo-spill, men inneholder også originalt innhold. Dette spillet har en mengde spillmoduser tilgjengelig for brukeren. Den inneholder porter av "Puyo Puyo" og "Puyo Puyo 2", i tillegg til en RPG-stilt oppdragsmodus der spilleren spiller som Arle og kjemper mot medlemmer av den andre rollebesetningen i Puyo Puyo-kamper. Den rommer også en «Stage Clear»-modus der du må møte enten 10, 20 eller 30 motstandere, samt to flerspillermoduser som kan spilles med enten andre spillere eller AI-erstattere. For selve Quest-modusen tillot det spilleren å tilpasse våpenlageret på måter som gjorde Arle sterkere med en tveegget sverdeffekt. Du kan fjerne Puyo-ringene for å styrke angrepet hennes på bekostning av å ikke kunne se de neste brikkene dine for eksempel, og mengden erfaring og gull vunnet var i forhold til hvor stor en kjede ble scoret og hvor raskt motstanderen ble beseiret. Nøkkelpunktet i Puyo Puyo-spillet til Box er at spilleren kan velge et regelsett fra enten "Puyo Puyo", "Puyo Puyo 2", "Puyo Puyo Sun" og "Puyo Puyo~n". Dette kan effektivt føre til 4-spillerkamper der hver spiller spiller med uavhengige eller blandede regler. Dette spillet tillot også lagkamper å finne sted. En spesiell flerspillermodus ble gjort tilgjengelig i dette spillet, kjent som "Treasure Mode", som ble tilpasset i "Puyo Puyo! 15th Anniversary" som "Excavation Mode".