Det er en ny trussel i Ninjago, og han går under navnet Ronin. Med hjelp fra sin hær av mørke samuraier stjeler Ronin ninjaenes minner ved å bruke et eldgammelt våpen kalt Obsidian Glaive. I LEGO Ninjago: Shadow of Ronin er det opp til spillerne å hjelpe ninjaene med å gjenvinne minnene sine og gjenvinne kreftene sine før Ronin fullfører planen sin og slipper en enda større ondskap på Ninjago.