Atelier Meruru Plus: The Apprentice of Arland legger til nye elementer av landutvikling til RPG- og simuleringsspillsystemet, og gir ekstra dybde og spilling i dette eventyret i animestil. I tillegg er ekstra innhold og funksjoner pakket inn, inkludert nye kostymer, nye avslutninger og all DLC fra PS3-versjonen. Ett år etter hendelsene i Atelier Totori: The Adventurer of Arland, begynner historien i Arls Kingdom, en liten nasjon helt nordvest i Arland-republikken. Det sjarmerende riket mangler det høyt utviklede maskineriet og alkymien til den større nasjonen, men er likevel klar til å slutte seg til republikken. Imidlertid må mange hindringer først overvinnes. For å minimere kritikk fra opposisjonspartier, foreslår Arls et utviklingsprosjekt for å øke sin innflytelse. Til å begynne med blir en rekke dyktige eventyrere sendt til Arls fra Arland, inkludert alkymisten Totori Helmold, stjernen i Atelier Totori. Meruru, prinsesse av Arls, manøvrerer for å bli Totoris lærling med ambisjoner om å bli en alkymist i seg selv. Merurus søken er å utvikle riket hennes før Arls blir en del av Arland. Ved å få hjelp fra vennene sine vil Meruru syntetisere, utforske, bygge og kjempe seg frem til et større og bedre kongerike.