Kongedømmet Altago gjenoppbygger sitt rike rundt en nyvunnet fred etter år med krig mot de nådeløse hærene til Romn. Den klassiske eventyrlige duoen, Adol og Dogi, ankommer havnen i Altago City, og havner raskt i en krangel med Dragon Knights, kongedømmets militære politiorgan, når de prøver å redde en lokal jente fra trakassering av en av deres befal. Opprørt av avbruddet og den påfølgende ydmykelsen arresterer sjefen Adol og Dogi og sikter dem for spionasje. Kongen av Altago, etter å ha kjent til duoens ventende ankomst fra en gammel pålitelig venn, løslater raskt paret fra fengselet og tilkaller dem til sine kamre. Han forteller mennene om en eldgammel helligdom som ble avdekket etter et nylig jordskjelv, og ber om deres hjelp til å undersøke dette mystiske nye funnet. Adol og Dogi forplikter seg, uvitende om at de er i ferd med å ta de første skrittene på en lang reise for å redde hele Altago fra for lengst glemte eldgamle krefter, og for å gjenforene de fremmedgjorte fem stammene som tjener og beskytter de fem store dragene guddommeliggjorte vesener som godt kan være verdens siste håp. Ys Seven er den siste delen i den langvarige Ys-serien som først debuterte på PC i 1987. Dette er den første iterasjonen som er bygget spesielt for PSP-systemet, og drar full nytte av widescreen-formatet og maskinvaren. Kampsystemet består av et kampparti med tre medlemmer med fiender engasjert på feltkartet i sanntid for fartsfylt kamp. Både gamle fans av serien og nye spillere vil bli fordypet i den rike, pulserende verdenen som inneholder over 30 timer med spilling.