Et RPG/eventyr gjenforteller slutten av Evangelion-historien, og introduserer de nye karakterene NERV-etterforskeren Kenzaki Kyouya og dummy-plugg-forskeren Kaga Hitomi. I spillet spiller du som en ny karakter, nerveagent Kyouya Kenzaki, en gammel collegevenn av Kaji. Gjennom hele spillet må du avdekke mysterier rundt Evangelion-plottet, så vel som mysterier som involverer deg selv. Det er flere ruter, som ser ut til å avhenge av hvor mye informasjon du avdekker. Slutttekstene, som ruller som Evangelion Death, har et bakteppe av LCL Sea fra End of Evangelion satt til Soul's Refrain (10th Anniversary Version) fra Evangelion: Decade.